Parler de pêche professionnelle dans les lacs alpins, c’est désigner principalement les activités de pêche sur les trois lacs naturels : le lac Léman, le lac du Bourget et le lac d’Annecy.
Après la Seconde Guerre mondiale, les captures de poissons, toutes espèces confondues, enregistraient, dans ces trois lacs, d’importantes progressions.
Cependant, à partir des années 1960, la diminution de l’oxygène liée à la dégradation de la qualité des eaux du lac Léman et du lac du Bourget (on parle alors « d’eutrophisation » due à l’accroissement des rejets causés par les activités humaines sur les bassins versants) nuisait particulièrement aux salmonidés (omble chevalier et truite lacustre) et aux corégonidés (lavaret au lac du Bourget, féra au lac Léman). Leur reproduction naturelle était perturbée au point d’entraîner une forte et inquiétante diminution des captures.
Devant l’urgence de donner un coup de pouce à la nature, l’ensemble de la communauté lacustre (pêcheurs professionnels mais aussi amateurs, administration et chercheurs) se mobilisait. Au Léman, l’État français et la Confédération helvétique s’engageaient, dès 1980 dans le cadre d’un concordat, à déverser chaque année des alevins en quantités très importantes dans le lac. La rive française du Léman disposait d’une pisciculture domaniale créée en 1884 à Rives, et d’une station INRA à Thonon-les-Bains. La volonté de préserver la diversité du patrimoine lacustre fédérait tous les partenaires, associant également ceux du lac du Bourget dans le projet de « Pacage lacustre ».
Un principe était mis en œuvre : la réussite des opérations de rempoissonnement augmente avec la taille des alevins déversés, car ils ont plus de chance de survie face à leurs prédateurs. Une expérimentation de l’INRA a, en effet, montré qu’on optimalisait le rapport coût/survie en déversant des alevins âgés d’un été. Pour produire ces « estivaux » à grande échelle, la pisciculture de Rives fut transformée en 1989 et permet aujourd’hui de produire plusieurs millions d’alevins d’origine autochtone.
Les pêcheurs, eux, capturent les géniteurs pour prélever des ovules, qui sont ensuite fécondés et incubés jusqu’à éclosion. Les larves grossissent à la pisciculture, et les juvéniles sont ensuite relâchés dans leurs lacs respectifs.
Pendant les dix premières années du pacage lacustre, les corégones (lavarets) du lac du Bourget ont grandi, pour une partie d’entre eux, enfermés dans des cages éclairées immergées dans le lac de manière à augmenter les chances de restauration de cette espèce alors quasi en voie de disparition. Les résultats ont été remarquables. Les corégones représentent désormais la ressource du lac la plus stable pour les pêcheurs.
Les mesures prises par les collectivités locales, soutenues par l’Agence de l’eau, ont dans les mêmes temps contribué à l’amélioration considérable de la qualité des eaux. Ces lacs, en passe de retrouver leurs richesses en éléments nutritifs (réoligotrophisation), sont redevenus des lacs à corégones, où la reproduction naturelle fonctionne à nouveau.
